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在 R 3.6 上為 ubuntu Bionic Beaver 安裝 rJava 時(shí)出現(xiàn)

在 R 3.6 上為 ubuntu Bionic Beaver 安裝 rJava 時(shí)出現(xiàn)

catspeake 2024-01-05 14:46:31
我有一個(gè)非常常見的問題,即 rJava 在 Ubuntu 上無法正確安裝。這個(gè)問題已經(jīng)在多個(gè)地方進(jìn)行了討論,這里,這里,這里,僅舉幾例?;締栴}是在安裝 rJava 包時(shí),會(huì)產(chǎn)生以下錯(cuò)誤消息configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.Warning in system(cmd) : error in running commandERROR: configuration failed for package ‘rJava’* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’對(duì)于這個(gè)問題有多種密切相關(guān)的解決方案。其中大多數(shù)用于為 R (也是一個(gè)變體sudo R CMD javareconf)配置 Java 。有些人建議在環(huán)境變量中設(shè)置路徑(另一些人則建議不要這樣做)。其他人建議卸載并重新安裝 R,而其他人則建議從 cran 安裝 rJava。有幾個(gè)人推薦。這些解決方案還有其他變體。-eJAVA_HOMEupdate alternatives我已經(jīng)嘗試了上述所有方法的組合,但一無所獲,所以我顯然做錯(cuò)了什么。輸入echo $JAVA_HOME退貨/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64我的等/環(huán)境看起來像這樣PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$MKL_THREADING_LAYER=GNUJAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"當(dāng)我運(yùn)行 R CMD javaconf 時(shí),它看起來像這樣Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/javaJava version     : 11.0.4Java home path   : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javacJava headers gen.: /usr/bin/javahJava archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jartrying to compile and link a JNI program detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linuxdetected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvmgcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.ogcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR我做錯(cuò)了什么以及如何正確安裝 rJava?
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POPMUISE

TA貢獻(xiàn)1765條經(jīng)驗(yàn) 獲得超5個(gè)贊

我調(diào)查了原始海報(bào)(我們?cè)谕粋€(gè)地方工作),問題是在 OpenJDK11 中,他們移動(dòng)了.soJVM 所在的一些文件,特別libjvm.so是 Ubuntu 包中的文件現(xiàn)在位于/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/.

這意味著,即使您安裝適用于 rJava 的 Ubuntu 軟件包,apt install r-cran-rjava當(dāng)您嘗試安裝時(shí)也會(huì)失敗library(rJava)

解決方案是通過添加/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/以下內(nèi)容來添加$LD_LIBRARY_PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH

到你的末尾~/.bashrc并開始一個(gè)新的shell(或source ~/.bashrc)。

這是我們必須為 OpenJDK 的集中安裝修復(fù)的問題,例如: https: //github.com/UCL-RITS/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#L46

如果您想在從 Gnome 啟動(dòng)的 Rstudio 中使用此功能,則需要將該目錄添加到ldconfig.

As root(或 with sudo)創(chuàng)建一個(gè)文件,/etc/ld.so.conf.d/您應(yīng)該在其中調(diào)用帶有擴(kuò)展名的內(nèi)容.conf,例如java.conf包含以下行:

/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server

然后root運(yùn)行

ldconfig -v

這應(yīng)該將該目錄添加到通過 GNOME 搜索啟動(dòng)的可執(zhí)行文件的位置。問題的這個(gè)特定部分(GNOME 忽略 中的設(shè)置bashrc)至少自 9.04 以來一直是 Ubuntu 中的一個(gè)問題(https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/)。


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反對(duì) 回復(fù) 2024-01-05
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