我正在嘗試編寫(xiě)一個(gè)Python代碼來(lái)查找DNA序列中的限制性?xún)?nèi)切酶位點(diǎn)。限制性?xún)?nèi)切酶切割特定的 DNA 序列，但有些限制性酶不是那么嚴(yán)格，例如 XmnI 切割此序列：甘南NTTC其中 N 可以是任何核苷酸（A、C、G 或 T）。如果我的數(shù)學(xué)正確的話，那就是 4^4 = 256 個(gè)可以剪切的獨(dú)特序列。我想列出這 256 個(gè)短序列，然后對(duì)照（較長(zhǎng)）輸入 DNA 序列檢查每個(gè)序列。然而，我很難生成 256 個(gè)序列。這是我到目前為止所擁有的：cutsequencequery = "GAANNNNTTC"Nseq = ["A", "C", "G", "T"]querylist = []if "N" in cutsequencequery: Nlist = [cutsequencequery.replace("N", t) for t in Nseq] for j in list(Nlist): querylist.append(j)for i in querylist: print(i)print(len(querylist))這是輸出：GAAAAAATTCGAACCCCTTCGAAGGGGTTCGAATTTTTTC4所以它將每個(gè) N 切換到 A、C、G 和 T，但我認(rèn)為我需要另一個(gè)循環(huán)（或 3？）來(lái)生成所有 256 種組合。有沒(méi)有一種我沒(méi)有看到的有效方法來(lái)做到這一點(diǎn)？
1 回答
ITMISS
TA貢獻(xiàn)1871條經(jīng)驗(yàn) 獲得超8個(gè)贊
也許你應(yīng)該看看python 的 itertools 庫(kù)，其中包括product它使用可迭代的每個(gè)組合創(chuàng)建一個(gè)可迭代，因此：
from itertools import product
cutsequencequery = "GAANNNNTTC"
nseq = ["A", "C", "G", "T"]
size = cutsequencequery.count('N')
possibilities = product(*[nseq for i in range(size)])?
# = ('A', 'A', 'A', 'A'), ... , ('T', 'T', 'T', 'T')?
# len(list(possibilities)) = 256 = 4^4, as expected
s = set()
for n in possibilities:
? ? print(''.join(n)) # = 'AAAA', ..., 'TTTT'
? ? new_sequence = cutsequencequery.replace('N' * size, ''.join(n))
? ??
? ? s.add(new_sequence)
? ? print(new_sequence) # = 'GAAAAAATTC', ..., 'GAATTTTTTC'
print(len(s)) # 256 unique sequences
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