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Snakemake - 如何通過(guò)子目錄獲取目錄中的所有文件

Snakemake - 如何通過(guò)子目錄獲取目錄中的所有文件

PHP
守著一只汪 2023-11-09 17:07:14
我有一個(gè)包含多個(gè)目錄的目錄:/test/cond1//test/cond2//test/cond3//test/cond4/所有子目錄都有幾個(gè)不同的文件:cond1 : a1.txt, a2.txtcond2 : b1.txt, b2.txt, b3.txtcond3 : c1.txt, c2.txt, c4.txtcond4 : d1.txt,c2.txt, c4.txt, d2.txt我正在使用 Snakemake 運(yùn)行命令,我需要通過(guò) cond 獲取所有文件,并用空白分隔我嘗試這樣做:def get_motifs_tf(wildcards):    file_list = sorted(glob.glob("tf_final/{wildcards.cond}/*.bed"))    return " ".join(file_list)這是我的規(guī)則snakemakerule compute_combi_enrichment:    """    For a given input, compute the enrichment in n-wise TF combinations using OLOGRAM-MODL.    """    input:        query = 'input/core_silencer/{cond}/core_silencer.bed',        excl = "input/exclude_region_dhs.bed",        genome = "input/mm9.chromsizes"    params:        trs = get_motifs_tf,        minibatch_number = 16, minibatch_size = 10   # Modulate depending on available RAM    threads: 8                                       # Do not use 16 threads to not vampirize all the cluster    output: 'output/ologram_result/{cond}/00_ologram_stats.tsv',    shell: """    set +u; source /gpfs/tagc/home/Apps/anaconda3/bin/activate dev; set -u    gtftk ologram -z -c {input.genome} -p {input.query} --more-bed {params.trs} \        -o output/ologram_result/{wildcards.cell_line} --force-chrom-peak --force-chrom-more-bed  \        -V 3 -k {threads} -mn {params.minibatch_number} -ms {params.minibatch_size} \        --more-bed-multiple-overlap --bed-excl {input.excl} --no-date \        --multiple-overlap-max-number-of-combinations 80    """在 --more-bed {params.trs} 中我預(yù)計(jì)會(huì)得到:/test/cond1/a1.txt /test/cond1/a2.txt然后/test/cond2/b1.txt /test/cond2/b2.txt /test/cond2/b3.txt等等...
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手掌心

TA貢獻(xiàn)1942條經(jīng)驗(yàn) 獲得超3個(gè)贊

我解決了它:

函數(shù)中的通配符必須在 stp 中轉(zhuǎn)換并且不帶括號(hào):

def get_motifs_tf(wildcards):
    file_list = sorted(glob.glob("tf_final/"+str(wildcards.cond)+"/*.bed"))
        return " ".join(file_list)


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反對(duì) 回復(fù) 2023-11-09
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