我有一個(gè)應(yīng)用程序想要部署在shinyapps.io 上。我認(rèn)為值得注意的是，應(yīng)用程序中的數(shù)據(jù)是從 athena 的數(shù)據(jù)庫中提取的。我使用Rathena包連接到數(shù)據(jù)庫，并且所有內(nèi)容都可以從我的計(jì)算機(jī)本地正常運(yùn)行。但是，我嘗試將其部署到shinyapps.io 上，但收到一條消息，指出發(fā)生了錯(cuò)誤。我只是在部署后彈出的窗口中看到了這一點(diǎn)。我查看了shinyapps.io 的日志部分，看到這樣的消息：警告：使用網(wǎng)狀但未指定 python；將在 /usr/bin/python3 使用 python 您是否忘記在發(fā)布之前在 .Rprofile 中設(shè)置 RETICULATE_PYTHON 環(huán)境變量？我從未使用過 .Rprofile，并且我不知道 RETICULATE_PYTHON 意味著什么。無論如何，他們?cè)诙褩Ｒ绯錾险f谷歌是你最好的朋友。我在 Github 上找到了這個(gè)名為 Tutorial: using Shiny + reticulate to create apps with R and Python 3 的教程。我按照它所說的執(zhí)行了最初的步驟，然后在最后說：確認(rèn) .Rprofile 文件包含在您的項(xiàng)目目錄中，并與 server.R 和 ui.R 一起部署到shinyapps.io。該文件設(shè)置 RETICULATE_PYTHON 環(huán)境變量，該變量告訴 reticulate 在shinyapps.io 服務(wù)器上的何處定位 Python 虛擬環(huán)境。我查了一下 .Rprofile 是什么，我認(rèn)為它只是一個(gè)代碼腳本，但它沒有告訴我應(yīng)該在那里放什么代碼。我想我需要提到Rathena包使用 Python 代碼來連接到數(shù)據(jù)庫。我還在某處讀到，我應(yīng)該將此行RETICULATE_PYTHON = /usr/local/bin/python3放在我的 .Renviron 文件中。我這樣做了，現(xiàn)在當(dāng)我嘗試在我的計(jì)算機(jī)上本地運(yùn)行該應(yīng)用程序時(shí)，我收到錯(cuò)誤消息：錯(cuò)誤：未檢測(cè)到 Boto3 請(qǐng)使用以下任一方式安裝 boto3：pip install boto3 numpy在終端中或install_boto(). 如果這不起作用，請(qǐng)?jiān)O(shè)置您正在使用的 pythonreticulate::use_python()或reticulate::use_condaenv()這沒有意義，因?yàn)槲乙呀?jīng)安裝了 boto3，甚至在終端中它也顯示已滿足要求：./Library/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/python3.6/site-packages 中的 boto3 (1.14.28)我感覺我在這里兜圈子。
1 回答
慕勒3428872
TA貢獻(xiàn)1848條經(jīng)驗(yàn) 獲得超6個(gè)贊
這實(shí)際上是本地運(yùn)行軟件和在另一個(gè)環(huán)境中運(yùn)行的一個(gè)相當(dāng)煩人的問題，我想說解決方案通常是不明顯的。您可能不是第一個(gè)遇到這種情況的人。
以下是我認(rèn)為相關(guān)的一些事實(shí)：
reticulate需要知道你的 Python 可執(zhí)行文件在計(jì)算機(jī)上的位置Python 可執(zhí)行文件的位置在您的計(jì)算機(jī)和虛擬計(jì)算機(jī)之間有所不同。shinyapps.io 運(yùn)行您的 Shiny 應(yīng)用程序
reticulate似乎可以確定 Python 可執(zhí)行文件來自RETICULATE_PYTHON環(huán)境變量的位置，但在未設(shè)置變量時(shí)也有一些默認(rèn)行為您計(jì)算機(jī)上的Python可執(zhí)行文件與虛擬計(jì)算機(jī)上的可執(zhí)行文件位于不同的位置shinyapps.io運(yùn)行您的Shiny應(yīng)用程序
RETICULATE_PYTHON當(dāng)您將的值設(shè)置.Rprofile為shinyapps.io 需要的值時(shí)，您的設(shè)置會(huì)中斷，因?yàn)槟?Python 環(huán)境不同
我還沒有測(cè)試過這個(gè)解決方案，但我認(rèn)為修復(fù)實(shí)際上在您的鏈接中！查看https://github.com/ranikay/shiny-reticulate-app/blob/master/.Rprofile?并了解它們?nèi)绾伟粌H僅是簡單的賦值，RETICULATE_PYTHON以及如何實(shí)際使用條件語句來設(shè)置各種值取決于 的結(jié)果(Sys.info()[['user']]。
的值(Sys.info()[['user']]將根據(jù) R 是否.Rprofile在本地計(jì)算機(jī)上執(zhí)行與虛擬計(jì)算機(jī)上執(zhí)行而有所不同。shinyapps.io 運(yùn)行您的 Shiny 應(yīng)用程序，并且鏈接.Rprofile正在根據(jù) R 是在本地計(jì)算機(jī)上運(yùn)行還是在虛擬計(jì)算機(jī)上運(yùn)行來設(shè)置各種值。另一臺(tái)電腦。這一切都有效，因?yàn)閟hinyapps.io
從.Rprofile中的代碼，我可以看出shinyapps.io在名為“shiny”的用戶下運(yùn)行您的Shiny應(yīng)用程序，
if?(Sys.info()[['user']]?==?'shiny'){
??Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON?=?paste0('/home/shiny/.virtualenvs/',?VIRTUALENV_NAME,?'/bin/python'))
}rstudio-connect他們甚至在其中添加了一個(gè)條件塊來支持 RStudio Connect，它顯然在名為而不是“shiny”的用戶下運(yùn)行你的 Shiny 應(yīng)用程序：
}?else?if?(Sys.info()[['user']]?==?'rstudio-connect'){
??Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON?=?paste0(VIRTUALENV_NAME,?'/bin/python'))
}最后，.Rprofile使用一個(gè)else語句來捕獲任何其他情況，這將與您在自己的計(jì)算機(jī)上運(yùn)行時(shí)的情況匹配：
}?else?{??
#?RETICULATE_PYTHON?is?not?required?locally,?RStudio?infers?it?based?on?the?~/.virtualenvs?path根據(jù)您上面的描述以及我在鏈接教程中看到的內(nèi)容，我認(rèn)為您幾乎可以將它們的全部內(nèi)容復(fù)制.Rprofile到您的項(xiàng)目中，并且可能只需要一兩個(gè)小的修改，您應(yīng)該能夠獲得閃亮的應(yīng)用程序在本地和shinyapps.io 上運(yùn)行，帶有reticulate.
但是，我們發(fā)現(xiàn)不設(shè)置RETICULATE_PYTHON會(huì)遵循通過運(yùn)行 virtualenv 定義的行為，因此我可能建議RETICULATE_PYTHON在此處設(shè)置一個(gè)值，例如位置或基于 miniconda 的 Python 可執(zhí)行文件。我猜這個(gè)值可能是./Library/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python3或類似。
如果您不想復(fù)制鏈接.Rprofile并根據(jù)需要修改它，您可以將您的鏈接更改為僅包含此行：
if?(Sys.info()[['user']]?==?'shiny'){
??Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON?=?"/usr/local/bin/python3")
}然后嘗試本地運(yùn)行并部署。
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