我有一個(gè)包含核苷酸序列的字符串。該字符串的長(zhǎng)度為 1191 個(gè)核苷酸。如何以每行只有 100 個(gè)核苷酸的格式打印序列？現(xiàn)在我已經(jīng)對(duì)其進(jìn)行了硬編碼，但我希望它適用于任何核苷酸串。這是我現(xiàn)在的代碼def printinfasta(SeqName, Sequence, SeqDescription): print(SeqName + " " + SeqDescription) #how do I make sure to only have 100 nucleotides per line? print(Sequence[0:100]) print(Sequence[100:200]) print(Sequence[200:300]) print(Sequence[400:500]) print(Sequence[500:600]) print(Sequence[600:700]) print(Sequence[700:800]) print(Sequence[800:900]) print(Sequence[900:1000]) print(Sequence[1000:1100]) print(Sequence[1100:1191])printinfasta(SeqName, Sequence, SeqDescription)Sequence = "NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAATCCATAAATCCCTAAAACCATAATCCTAAATCCCTTAATTCCTAAATCCCTAATACTTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAAATCCATAATCCTTAATTCCTAAATTCCTAAATCCCTAATACTAAATCTCTAAATCCCTAGCAATTTTCAAGTTTTGCTTGATTGTTGTAGGATGGTCCTTTCTCTTGTTTCTTCTCTGTGTTGTTGAGATTAGTTTGTTTAGGTTTGATAGCGTTGATTTTGGCCTGCGTTTGGTGACTCATATGGTTTGATTGGAGTTTGTTTCTGGGTTTTATGGTTTTGGTTGAAGCGACATTTTTTTGTGGAATATGGTTTTTGCAAAATATTTTGTTCCGGATGAGTAATATCTACGGTGCTGCTGTGAGAATTATGCTATTGTTTT"
6 回答
jeck貓
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您可以使用textwrap.wrap將長(zhǎng)字符串拆分為字符串列表
import textwrap
seq = "NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAATCCATAAATCCCTAAAACCATAATCCTAAATCCCTTAATTCCTAAATCCCTAATACTTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAAATCCATAATCCTTAATTCCTAAATTCCTAAATCCCTAATACTAAATCTCTAAATCCCTAGCAATTTTCAAGTTTTGCTTGATTGTTGTAGGATGGTCCTTTCTCTTGTTTCTTCTCTGTGTTGTTGAGATTAGTTTGTTTAGGTTTGATAGCGTTGATTTTGGCCTGCGTTTGGTGACTCATATGGTTTGATTGGAGTTTGTTTCTGGGTTTTATGGTTTTGGTTGAAGCGACATTTTTTTGTGGAATATGGTTTTTGCAAAATATTTTGTTCCGGATGAGTAATATCTACGGTGCTGCTGTGAGAATTATGCTATTGTTTT"
print('\n'.join(textwrap.wrap(seq, width=100)))
慕雪6442864
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您可以使用基于的輔助函數(shù)itertools.zip_longest。輔助函數(shù)被設(shè)計(jì)為（也）處理序列不是相等部分大小的精確倍數(shù)的情況（最后一組的元素比之前的組少）。
from itertools import zip_longest
def grouper(n, iterable):
? ? """ s -> (s0,s1,...sn-1), (sn,sn+1,...s2n-1), (s2n,s2n+1,...s3n-1), ... """
? ? FILLER = object()? # Value that couldn't be in data.
? ? for result in zip_longest(*[iter(iterable)]*n, fillvalue=FILLER):
? ? ? ? yield ''.join(v for v in result if v is not FILLER)
def printinfasta(SeqName, Sequence, SeqDescription):
? ? print(SeqName + " " + SeqDescription)
? ? for group in grouper(100, Sequence):
? ? ? ? print(group)
Sequence = "NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAATCCATAAATCCCTAAAACCATAATCCTAAATCCCTTAATTCCTAAATCCCTAATACTTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAAATCCATAATCCTTAATTCCTAAATTCCTAAATCCCTAATACTAAATCTCTAAATCCCTAGCAATTTTCAAGTTTTGCTTGATTGTTGTAGGATGGTCCTTTCTCTTGTTTCTTCTCTGTGTTGTTGAGATTAGTTTGTTTAGGTTTGATAGCGTTGATTTTGGCCTGCGTTTGGTGACTCATATGGTTTGATTGGAGTTTGTTTCTGGGTTTTATGGTTTTGGTTGAAGCGACATTTTTTTGTGGAATATGGTTTTTGCAAAATATTTTGTTCCGGATGAGTAATATCTACGGTGCTGCTGTGAGAATTATGCTATTGTTTT"
printinfasta('Name', Sequence, 'Description')
示例輸出：
Name Description
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
CCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAATCCATAAATCCCTAAAACCATAATCCTAAATCCCTTAATTCCTA
AATCCCTAATACTTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAAATCCATAATCCTTAATTCCTAAATTCCTAAATCCC
TAATACTAAATCTCTAAATCCCTAGCAATTTTCAAGTTTTGCTTGATTGTTGTAGGATGGTCCTTTCTCTTGTTTCTTCTCTGTGTTGTTGAGATTAGTT
TGTTTAGGTTTGATAGCGTTGATTTTGGCCTGCGTTTGGTGACTCATATGGTTTGATTGGAGTTTGTTTCTGGGTTTTATGGTTTTGGTTGAAGCGACAT
TTTTTTGTGGAATATGGTTTTTGCAAAATATTTTGTTCCGGATGAGTAATATCTACGGTGCTGCTGTGAGAATTATGCTATTGTTTT
海綿寶寶撒
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我假設(shè)您的序列采用 FASTA 格式。如果是這種情況，您可以使用提供 FASTA 序列包裝實(shí)用程序的許多生物信息學(xué)軟件包中的任何一個(gè)。例如，您可以使用FASTX-Toolkit.?使用命令行實(shí)用程序包裝 FASTA 序列FASTA Formatter，例如每行最多 100 個(gè)核苷酸：
fasta_formatter?-i?INFILE?-o?OUTFILE?-w?100
您可以FASTX-Toolkit使用安裝包conda，例如：conda install fastx_toolkit
或conda create -n fastx_toolkit fastx_toolkit
請(qǐng)注意，如果您最終從頭開(kāi)始編寫(xiě)（簡(jiǎn)單）代碼來(lái)包裝 FASTA 序列，請(qǐng)記住不應(yīng)包裝標(biāo)題行（以 開(kāi)頭的行>） 。僅包裹序列行。
aluckdog
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你可以使用itertools.zip_longest一些iter魔法來(lái)將其寫(xiě)成一行：
from itertools import zip_longest
sequence = "NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAATCCATAAATCCCTAAAACCATAATCCTAAATCCCTTAATTCCTAAATCCCTAATACTTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAATCTTTAGTTCCTAGACCCTAAATCCATAATCCTTAATTCCTAAATTCCTAAATCCCTAATACTAAATCTCTAAATCCCTAGCAATTTTCAAGTTTTGCTTGATTGTTGTAGGATGGTCCTTTCTCTTGTTTCTTCTCTGTGTTGTTGAGATTAGTTTGTTTAGGTTTGATAGCGTTGATTTTGGCCTGCGTTTGGTGACTCATATGGTTTGATTGGAGTTTGTTTCTGGGTTTTATGGTTTTGGTTGAAGCGACATTTTTTTGTGGAATATGGTTTTTGCAAAATATTTTGTTCCGGATGAGTAATATCTACGGTGCTGCTGTGAGAATTATGCTATTGTTTT"
output = [''.join(filter(None, s)) for s in zip_longest(*([iter(sequence)]*100))]
或者：
for s in zip_longest(*([iter(sequence)]*100)):
print(''.join(filter(None, s)))
嗶嗶one
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一個(gè)可能的解決方案是使用re模塊。
import re
def splitstring(strg, leng):
chunks = re.findall('.{1,%d}' % leng, strg)
for i in chunks:
print(i)
splitstring(strg = seq, leng = 100))
鴻蒙傳說(shuō)
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包cytoolz（可使用安裝）提供了一個(gè)可以在此處使用的pip install cytoolz函數(shù)：partition_all
#!/usr/bin/env python3
from cytoolz import partition_all
def printinfasta(name, seq, descr):
? ? header = f">{name} {descr}"
? ? print(header)
? ? print(*map("".join, partition_all(100, seq)), sep="\n")
printinfasta("test", 468 * "ACGTGA", "this is a test")
partition_all(100, seq))生成 100 個(gè)字母的元組，每個(gè)字母取自seq，最后一個(gè)較短的字母是字母數(shù)不是 100 的倍數(shù)。
用于map("".join, ...)將每個(gè)此類(lèi)元組中的字母分組為單個(gè)字符串。
前面*的map使其結(jié)果被視為 的單獨(dú)參數(shù)print。
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