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從現(xiàn)有 docker 鏡像擴展 Singularity 鏡像的問題

Python

30秒到達戰(zhàn)場 2023-06-27 16:12:55

我嘗試使用我的定義文件擴展pytorch docker 映像nnunet.def：Bootstrap: dockerFrom: pytorch/pytorch:1.4-cuda10.1-cudnn7-runtime%post? ? git clone https://github.com/NVIDIA/apex? ? cd apex? ? pip install -v --no-cache-dir ./%runscript? ? echo "Running nnunet container..."但是，當(dāng)我構(gòu)建此圖像（使用sudo singularity build image.sif nnunet.def）時，我收到一條錯誤消息，指出未找到 pip：...+ pip install -v --no-cache-dir .//.build-script-post: 6: /.build-script-post: pip: not foundFATAL:? ?failed to execute %post proc: exit status 127FATAL:? ?While performing build: while running engine: while running /usr/local/libexec/singularity/bin/starter: exit status 255為什么？更令人驚訝的是，當(dāng)我直接從這張圖片進入 shell 時： singularity shell docker://pytorch/pytorch:1.4-cuda10.1-cudnn7-runtime我使用 pip 沒有問題：Singularity> pip freezeasn1crypto==1.2.0backcall==0.1.0...為什么我不能在%post定義文件的部分中使用 pip？

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1 回答

呼啦一陣風(fēng)

TA貢獻1802條經(jīng)驗獲得超6個贊

$PATH簡短的回答： in的值%post與您在 shell 中運行時不同，因此它不知道去哪里查找。

如果您查看 pipwhich pip在 docker 或奇異點映像中的位置 ( )，您會發(fā)現(xiàn)它位于/opt/conda/bin/pip。使用的默認路徑%post是/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin.

當(dāng)您看到一條錯誤，指出命令在作為腳本的一部分運行時不可用，但在交互運行時卻可用，這幾乎總是環(huán)境問題，而、、等PATH是PYTHONPATH常見PERL5LIB的罪魁禍?zhǔn)住?/p>

如果您添加export PATH=/opt/conda/bin:$PATH到塊的開頭，%post它應(yīng)該可以解決這個問題。

反對回復(fù) 2023-06-27