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使用 for 循環(huán)向表中添加新行:python

使用 for 循環(huán)向表中添加新行:python

喵喵時(shí)光機(jī) 2023-05-16 15:49:40
在搜索兩個(gè)正則表達(dá)式的 DNA 序列后,我試圖創(chuàng)建一個(gè) .bed 文件。理想情況下,我想生成一個(gè)制表符分隔的文件,其中包含序列描述、第一個(gè)正則表達(dá)式的起始位置和第二個(gè)正則表達(dá)式的結(jié)束位置。我知道正則表達(dá)式部分有效,它只是創(chuàng)建了我正在努力處理的 \t 分隔文件。我希望我可以打開(kāi)/創(chuàng)建一個(gè)文件并簡(jiǎn)單地為for loop包含此信息的每次迭代打印一個(gè)新行,如下所示:with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object:    for line in file_object:        print(f'{sequence.description}\t{h.start()}\t{h_rc.end()}')file_object.close()但這似乎不起作用(創(chuàng)建空文件)。我也嘗試過(guò)使用file_object.write,但這同樣會(huì)創(chuàng)建一個(gè)空文件。這是我所有的代碼,包括搜索正則表達(dá)式:import re, sysfrom Bio import SeqIOfrom Bio.SeqRecord import SeqRecordinfile = sys.argv[1]for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):    hit = re.finditer(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", str(sequence.seq))    mimp_length = 400    for h in hit:        h_start = h.start()        hit_rc = re.finditer(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG", str(sequence.seq))        for h_rc in hit_rc:            h_rc_end = h_rc.end()            length = h_rc_end - h_start            if length > 0:                if length < mimp_length:                    with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object:                        for line in file_object:                            print(sequence.description, h.start(), h_rc.end())                    file_object.close()這是所需的輸出:Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)    2   208Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)  2   223Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)  2   224Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)  2   216這是示例輸入:>Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)TACAGTGGGATGCAAAAAGTATTCGCAGGTGTGTAGAGAGATTTGTTGCTCGGAAGCTAGTTAGGTGTAGCTTGTCAGGTTCTCAGTACCCTATATTACACCGAGATCAGCGGGATAATCTAGTCTCGAGTACATAAGCTAAGTTAAGCTACTAACTAGCGCAGCTGACACAACTTACACACCTGCAAATACTTTTTGCATCCCACTGTA>Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTCTGCCGCTAGCCCATTTTAACAGCTAGAGTGTGTATATTAACCTCACACATAGCTATCTCTTATACTAATTGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTGTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA有人能幫忙嗎?
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2 回答

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MMMHUHU

TA貢獻(xiàn)1834條經(jīng)驗(yàn) 獲得超8個(gè)贊

要向文件中寫(xiě)入一行,您需要執(zhí)行以下操作:

with?open("file.txt",?"a")?as?f:?
???print("new?line",?file=f)

如果你想用制表符分隔你也可以添加sep="\t",這就是為什么 python 3 做了print一個(gè)函數(shù)所以你可以使用sep,?end,?file, 和flush關(guān)鍵字參數(shù)。:)

打開(kāi)文件進(jìn)行附加意味著文件指針從文件末尾開(kāi)始,這意味著寫(xiě)入它不會(huì)覆蓋任何數(shù)據(jù)(附加到文件末尾)并迭代它(或以其他方式讀取它)給出沒(méi)有什么比你已經(jīng)到達(dá)文件末尾更重要的了。

因此,您無(wú)需遍歷文件的行,而只需向其中寫(xiě)入一行:

????????????????with?open("Mimp_hits.bed",?"a")?as?file_object:?
???????????????????????????????????print(sequence.description,?h.start(),?h_rc.end(),?file=file_object)

您還可以考慮只在循環(huán)開(kāi)始附近打開(kāi)文件,因?yàn)榇蜷_(kāi)它一次并寫(xiě)入多次比多次打開(kāi)它更有效,而且 with 塊會(huì)自動(dòng)關(guān)閉文件,因此無(wú)需顯式執(zhí)行此操作。


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反對(duì) 回復(fù) 2023-05-16
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桃花長(zhǎng)相依

TA貢獻(xiàn)1860條經(jīng)驗(yàn) 獲得超8個(gè)贊

您正在嘗試以“a+”模式打開(kāi)文件,并從中循環(huán)遍歷行(這將找不到任何內(nèi)容,因?yàn)楫?dāng)您這樣做時(shí)文件位于末尾)。在任何情況下,如果這只是一個(gè)輸出文件,那么您將以“a”模式打開(kāi)它以附加到它。


可能您只想打開(kāi)文件一次以進(jìn)行追加,并在with語(yǔ)句內(nèi)部執(zhí)行主循環(huán),file_object.write(...)在您真正想將字符串追加到文件時(shí)使用。file_object.close()請(qǐng)注意,使用此構(gòu)造時(shí)不需要 for with。


with open("Mimp_hits.bed", "a") as file_object:

    for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):

        # ... etc per original code ...

                    if length < mimp_length:

                        file_object.write("{}\t{}\t{}\n".format(

                                sequence.description, h.start(), h_rc.end()))


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反對(duì) 回復(fù) 2023-05-16
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