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使用 ipyvolume 的 .dicom 文件的 3D 可視化

使用 ipyvolume 的 .dicom 文件的 3D 可視化

人到中年有點(diǎn)甜 2023-05-09 10:12:47
.dicom我正在嘗試使用pydicom和可視化一組文件ipyvolume。我過(guò)去常常pydicom讀取文件，然后按位置對(duì)它們進(jìn)行排序，然后將切片變成 3D 數(shù)組。我可以繪制數(shù)據(jù)的 3D 模型，ipyvolume.pylab.plot_isosurface()盡管我不確定這是否是可視化醫(yī)學(xué)圖像的正確方法（它都是具有相同不透明度和顏色的實(shí)體像素）。我也嘗試過(guò)ipyvolume.pylab.volshow()，但沒(méi)有用。有沒(méi)有正確的方法來(lái)可視化醫(yī)學(xué)圖像ipyvolume？或者這不是合適的圖書(shū)館？
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2 回答

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瀟湘沐

TA貢獻(xiàn)1816條經(jīng)驗(yàn) 獲得超6個(gè)贊

DICOM 文件沒(méi)有“體素”數(shù)據(jù)，因此您不能簡(jiǎn)單地在 3D 視圖中繪制 dicom。您應(yīng)該使用 dicom 系列的切片來(lái)估計(jì)體素?cái)?shù)據(jù)。之后，使用諸如 Marching Cubes 之類的 3D 建模算法，您可以提取最終的 3D 模型。



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反對(duì) 回復(fù) 2023-05-09
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PIPIONE

TA貢獻(xiàn)1829條經(jīng)驗(yàn) 獲得超9個(gè)贊

我沒(méi)有使用 ipyvolume，但查看文檔它應(yīng)該能夠可視化 DICOM 圖像集。


如果您想嘗試其他包，我使用 SimpleITK 加載 DICOM 圖像，并使用 itkwidgets 在 Jupyter 筆記本中進(jìn)行體積可視化。


這是一個(gè)加載 DICOM 系列并顯示它的簡(jiǎn)單筆記本：


import SimpleITK as sitk

import itkwidgets


# Get the DICOM file names in the current directory

names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames('.')


# Read the DICOM series

reader = sitk.ImageSeriesReader()

reader.SetFileNames(names)

img = reader.Execute()


itkwidgets.view(img)

如果目錄中有多個(gè) DICOM 系列，GetGDCMSeriesFileNames 有一個(gè) seriesID 參數(shù)，您可以給它指定要加載的系列。


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反對(duì) 回復(fù) 2023-05-09
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