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如何將元數(shù)據(jù)添加到圖像(使用 java 代碼),然后將其轉(zhuǎn)換為 dicom

如何將元數(shù)據(jù)添加到圖像(使用 java 代碼),然后將其轉(zhuǎn)換為 dicom

守著星空守著你 2023-03-31 14:48:00
我找到了一個(gè) java 代碼,可以將 jpg 和 Dicom(它從那個(gè)文件獲取元數(shù)據(jù))文件轉(zhuǎn)換為最終的 Dicom 文件。我想要做的是將 jpg 圖像轉(zhuǎn)換為 Dicom 圖像,用 java 代碼生成元數(shù)據(jù)。BufferedImage jpg = ImageIO.read(new File("myjpg.jpg"));// Convert the image to a byte array    DataBuffer buff = jpg.getData().getDataBuffer();DataBufferUShort buffer = new DataBufferUShort(buff.getSize());for (int i = 0; i < buffer.getSize(); ++i)    buffer.setElem(i, buff.getElem(i));short[] data = buffer.getData();ByteBuffer byteBuf = ByteBuffer.allocate(2 * data.length);int i = 0;while (data.length > i) {    byteBuf.putShort(data[i]);    i++;}// Copy a headerDicomInputStream dis = new DicomInputStream(new File("fileToCopyheaderFrom.dcm"));Attributes meta = dis.readFileMetaInformation();Attributes attribs = dis.readDataset(-1, Tag.PixelData);dis.close();// Change the rows and columnsattribs.setInt(Tag.Rows, VR.US, jpg.getHeight());attribs.setInt(Tag.Columns, VR.US, jpg.getWidth());System.out.println(byteBuf.array().length);// Write the fileattribs.setBytes(Tag.PixelData, VR.OW, byteBuf.array());DicomOutputStream dcmo = new DicomOutputStream(new File("myDicom.dcm"));dcmo.writeFileMetaInformation(meta);attribs.writeTo(dcmo);dcmo.close();
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3 回答

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忽然笑

TA貢獻(xiàn)1806條經(jīng)驗(yàn) 獲得超5個(gè)贊

我不是工具包方面的專家(當(dāng)然也不是 Java)。

您的“// Copy a header”部分讀取源 DICOM 文件并將所有屬性保存在Attributes attribs變量中。

然后,您的“//更改行和列”部分根據(jù)需要修改了幾個(gè)屬性。

然后,您的“// Write the file”部分只需將從源文件讀取的屬性添加到目標(biāo)文件。

現(xiàn)在,您想繞過(guò)源 DICOM 文件并通過(guò)自己添加屬性將普通 JPEG 轉(zhuǎn)換為 DICOM。

替換您的“// Copy a header”部分以構(gòu)建Attributes.

Attributes attribs = new Attributes();

attribs.setString(Tag.StudyDate, VR.DA, "20110404");

attribs.setString(Tag.StudyTime, VR.TM, "15");

上例中提到的標(biāo)簽僅供參考。您必須自己決定要包含哪些標(biāo)簽。請(qǐng)注意,規(guī)范已根據(jù)您處理的 SOP 類別為標(biāo)簽定義了類型 1、1C、2、2C 和 3。
添加標(biāo)簽時(shí),您還必須注意正確的 VR。規(guī)范也談到了那件事。
我無(wú)法在這里解釋這一切;太寬泛。

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反對(duì) 回復(fù) 2023-03-31
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蠱毒傳說(shuō)

TA貢獻(xiàn)1895條經(jīng)驗(yàn) 獲得超3個(gè)贊

關(guān)于 dcm4che,我無(wú)能為力,但如果您可以選擇使用另一個(gè) Java DICOM 庫(kù),則使用 DeCaMino (?http://dicomplugin.com?) 這個(gè)任務(wù)非常簡(jiǎn)單:

?BufferedImage jpg = ImageIO.read(new File("myjpg.jpg"));

? DicomWriter dw = new DicomWriter();

? dw.setOutput(new File("myjpg.dcm"));

? DicomMetadata dmd = new DicomMetadata();

? dw.write(dmd, new IIOImage(jpg, null, null), null);

這將寫(xiě)入一個(gè)符合 SOP 類“二次捕獲”和默認(rèn)元數(shù)據(jù)的 DICOM 文件。


要自定義元數(shù)據(jù),請(qǐng)?jiān)赿md寫(xiě)入之前添加數(shù)據(jù)元素,例如:


? DataSet ds = dmd.getDataSet();

? ds.set(Tag.StudyDate, LocalDate.of(2011, 4, 4));

? ds.set(Tag.StudyTime, LocalTime.of(15, 0, 0));


您還可以更改傳輸語(yǔ)法(從而控制像素?cái)?shù)據(jù)編碼):


? dw.setTransferSyntax(UID.JPEG2000TS);

免責(zé)聲明:我是 DeCaMino 的作者。


編輯:正如 kritzel_sw 所說(shuō),我強(qiáng)烈建議不要通過(guò)更改像素?cái)?shù)據(jù)和某些數(shù)據(jù)元素來(lái)修改和現(xiàn)有的 DICOM 對(duì)象,您將大多以不符合要求的對(duì)象結(jié)束。更好的是從頭開(kāi)始寫(xiě)一個(gè)對(duì)象,最簡(jiǎn)單的對(duì)象來(lái)自二級(jí)捕獲類。DeCaMino 通過(guò)生成具有強(qiáng)制數(shù)據(jù)元素的符合輔助捕獲對(duì)象來(lái)幫助您,但它不會(huì)幫助您生成模態(tài)(如 CT 采集)對(duì)象。


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反對(duì) 回復(fù) 2023-03-31
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弒天下

TA貢獻(xiàn)1818條經(jīng)驗(yàn) 獲得超8個(gè)贊

只是一個(gè)旁注:

attribs.setBytes(Tag.PixelData, VR.OW, byteBuf.array());

VR.OW 表示每像素/通道 16 位。由于您正在用從 JPEG 圖像讀取的像素?cái)?shù)據(jù)替換像素?cái)?shù)據(jù),并且您將緩沖區(qū)命名為“byteBuf”,我懷疑這是不一致的。VR.OB 是每像素/通道圖像 8 位的值表示。

談到通道,我知道您想通過(guò)修改現(xiàn)有 DICOM 圖像而不是從頭創(chuàng)建新圖像來(lái)簡(jiǎn)化 DICOM 對(duì)象的構(gòu)造。然而,彩色像素?cái)?shù)據(jù)并不適用于所有類型的 DICOM 圖像。例如,如果您的 fileToCopyheaderFrom.dcm 是射線照相、CT 或 MRI 圖像(或許多其他放射學(xué)類型),則不允許向其添加彩色像素?cái)?shù)據(jù)。

此外,每個(gè)圖像都包含識(shí)別信息(Study-、Series-、SOP Instance UID 是最重要的信息),應(yīng)將其替換為新生成的值。

我知道用新的像素?cái)?shù)據(jù)修改現(xiàn)有的 DICOM 對(duì)象似乎很有吸引力,但這個(gè)過(guò)程可能比您預(yù)期的要復(fù)雜得多。在這兩種情況下,都不可避免地要學(xué)習(xí)基本的 DICOM 概念。


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反對(duì) 回復(fù) 2023-03-31
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