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在 HPC 集群中創(chuàng)建 Dask LocalCluster 實例時 SLURM 任務失敗

在 HPC 集群中創(chuàng)建 Dask LocalCluster 實例時 SLURM 任務失敗

繁星點點滴滴 2023-02-15 16:11:48
我正在使用命令sbatch和下一個配置排隊任務:#SBATCH --job-name=dask-test#SBATCH --ntasks=1#SBATCH --cpus-per-task=10#SBATCH --mem=80G#SBATCH --time=00:30:00#SBATCH --tmp=10G#SBATCH --partition=normal#SBATCH --qos=normalpython ./dask-test.pypython腳本大致如下:import pandas as pdimport dask.dataframe as ddimport numpy as npfrom dask.distributed import Client, LocalClusterprint("Generating LocalCluster...")cluster = LocalCluster()print("Generating Client...")client = Client(cluster, processes=False)print("Scaling client...")client.scale(8)data = dd.read_csv(    BASE_DATA_SOURCE + '/Data-BIGDATFILES-*.csv',    delimiter=';',)def get_min_dt():    min_dt = data.datetime.min().compute()    print("Min is {}".format())print("Getting min dt...")get_min_dt()第一個問題是文本“Generating LocalCluster...”打印了 6 次,這讓我懷疑腳本是否同時運行了多次。其次,在幾分鐘不打印任何內(nèi)容后,我收到以下消息:/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/distributed/node.py:155: UserWarning: Port 8787 is already in use.Perhaps you already have a cluster running?Hosting the HTTP server on port 37396 instead  http_address["port"], self.http_server.port
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1 回答

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慕斯王

TA貢獻1864條經(jīng)驗 獲得超2個贊

經(jīng)過一些研究,我可以得到一個解決方案。不太確定原因,但非常確定它有效。


LocalCluster、Client 及其之后的所有代碼(將分發(fā)執(zhí)行的代碼)的實例化不得在 Python 腳本的模塊級別。相反,此代碼必須位于方法中或 __main__ 塊內(nèi),如下所示:


import pandas as pd

import dask.dataframe as dd

import numpy as np


from dask.distributed import Client, LocalCluster



if __name__ == "__main__":

    print("Generating LocalCluster...")

    cluster = LocalCluster()

    print("Generating Client...")

    client = Client(cluster, processes=False)


    print("Scaling client...")

    client.scale(8)


    data = dd.read_csv(

        BASE_DATA_SOURCE + '/Data-BIGDATFILES-*.csv',

        delimiter=';',

    )


    def get_min_dt():

        min_dt = data.datetime.min().compute()

        print("Min is {}".format())


    print("Getting min dt...")

    get_min_dt()

這個簡單的改變帶來了不同。在該問題線程中找到了解決方案:https://github.com/dask/distributed/issues/2520#issuecomment-470817810


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反對 回復 2023-02-15
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