輸入Blast_aa_mc = qblast("blastp","nr", aa_mc[2])Blast_aa_mc輸出<_io.StringIO at 0x12a1a48>什么是_io。字符串？這是什么意思？我所期待的是某種字符串或數(shù)組。有沒有更好的方法來做到這一點(diǎn)？
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呼如林
TA貢獻(xiàn)1798條經(jīng)驗(yàn) 獲得超3個(gè)贊
字符串IO是標(biāo)準(zhǔn)庫中來自蟒蛇的io模塊的類。從本質(zhì)上講，StringIO 對(duì)象的行為類似于 Python 文件對(duì)象，它不存儲(chǔ)在磁盤上，而是保存在內(nèi)存中。
讓我們看一個(gè)簡單的例子：
f = io.StringIO("Some initial\ntext data.")
如果將其打印出來，則會(huì)得到與您的結(jié)果類似的結(jié)果：
print(f)
>> <_io.StringIO object at 0x7f4530264a68>
如何處理這個(gè)問題？好吧，幾乎任何你可以用文件對(duì)象做的事情，你可以用一個(gè)StringIO對(duì)象來做。例如，要獲取 f 中所有行的列表：
content = f.readlines()
print(content)
>> ['Some initial\n', 'text data.']
要獲取包含所有內(nèi)容的單個(gè)字符串，請(qǐng)執(zhí)行以下操作：
print(''.join(content))
>> 'Some initial
text data.'
請(qǐng)注意，您只能調(diào)用一次讀行 - 就像文件一樣。對(duì)讀行的第二次調(diào)用將返回一個(gè)空列表。
尚方寶劍之說
TA貢獻(xiàn)1788條經(jīng)驗(yàn) 獲得超4個(gè)贊
您可以解析通過模塊返回的結(jié)果句柄，例如qblast()Bio.SearchIO
from Bio import SearchIO
from Bio.Blast import NCBIWWW
Blast_aa_mc = NCBIWWW.qblast("blastp","nr", aa_mc[2])
blast_qresult = SearchIO.read(Blast_aa_mc, "blast-xml")
print(blast_qresult)
我最近的《生物間諜節(jié)》筆記本教程中對(duì)此進(jìn)行了介紹。
對(duì)于多個(gè)結(jié)果，請(qǐng)使用（環(huán)繞它以在內(nèi)存中創(chuàng)建列表）SearchIO.parse(Blast_aa_mc, "blast-xml")list()
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