首先，我絕不是編程專家，也不精通python，如果這是一個(gè)愚蠢的問題，請(qǐng)?jiān)徫摇Ｎ艺趪L試運(yùn)行下面的代碼，以使用“ID”文件將 fasta 文件過濾到我想要的序列，但每次運(yùn)行它時(shí)，都會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。任何幫助是極大的贊賞！"""%prog file.fasta wanted_ids.txt"""from Bio import SeqIOimport syswanted = [line.strip() for line in open(sys.argv[2])]seqiter = SeqIO.parse(open(sys.argv[1]), 'fasta')SeqIO.write((seq for seq in seqiter if seq.id in wanted), sys.stdout, "fasta")這是我得到的錯(cuò)誤：File "filter.py", line 7, in <module> wanted = [line.strip() for line in open(sys.argv[2])]IndexError: list index out of range
2 回答
烙印99
TA貢獻(xiàn)1829條經(jīng)驗(yàn) 獲得超13個(gè)贊
我希望它可以幫助你 with open (sys.argv[2]) as file_:
for line in file_:
紅顏莎娜
TA貢獻(xiàn)1842條經(jīng)驗(yàn) 獲得超13個(gè)贊
只有在運(yùn)行程序時(shí)沒有將預(yù)期數(shù)量的參數(shù)傳遞給程序時(shí)，才會(huì)發(fā)生您描述的異常。該sys.argv變量包含程序的參數(shù)。它將是一個(gè)列表，并且sys.argv[0]將具有腳本本身的文件名，而后面的值將是后面?zhèn)魅氲膮?shù)。
您的程序的文檔字符串 ( %prog file.fasta wanted_ids.txt) 表明您需要將兩個(gè)參數(shù)傳遞給程序，一個(gè)是.fasta文件，另一個(gè)是.txt文件。您忽略了其中一個(gè)或兩個(gè)參數(shù)，因此程序無法執(zhí)行查找sys.argv[2], 并引發(fā)IndexError.
你可能想在你的程序中添加代碼來檢查參數(shù)的數(shù)量，并在你得到錯(cuò)誤的數(shù)字時(shí)給出一個(gè)更有幫助的異常：
from Bio import SeqIO
import sys
if len(sys.argv) != 3:
sys.exit("Bad arguments! Usage: {} <file.fasta> <wanted_ids.txt>".format(sys.argv[0]))
wanted = [line.strip() for line in open(sys.argv[2])]
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