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對基因組文件的文件操作

對基因組文件的文件操作

蕪湖不蕪 2021-07-08 17:01:41
我有一個以下格式的基因組文件(大?。簙840 MB 和 13801301 行)('genome.txt')>SL3.0ch00AATAATAATAATAATAATAATAATAAATAAATAAATAAATAATAATAATAATAATAATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT>SL3.0ch01TAGAGGATCTTGGAGGAGGTTCATTGCTGCAGATATTCCATTCATCCGATTTCCTCCAAGATGTACCGCGATTTGAGAGAGGTATATTGGTGGGAAGGCAAAGAGAGAGATATTGTTGCCAAGTACCTGAGTTGCCAACAAGTGAAAGTAGAGCACCAAAGTCCTGGAGGTTTGGCTCAAACTTTAGAACTTCTTGAATGGAAGTGGAGATAAATAACATGGACTTTATCACAGGTTTGC>SL3.0ch02ATGTACCGCGATTTGAGAGAGGTATATTGGTGGGAAGGCAAAGAGAGAGATATTGTTGCCAAGTACCTGAGTTGCCAACAAGTGAAAGTAGAGCACCAAAGTCCTGGAGGTTTGGCTCAAACTTTAGAACTTCTTGAATGGAAGTGGAGATAAATAACATGGACTTTATCACAGGTTTGCAAAGATCTCGAAGGCAACATGACTCTAGGTGATTTTCGATAGAATGACAAAGTCATCCCT我想刪除換行符和所有標簽 '>SL3.0ch00' 以便我在文件中有一個統(tǒng)一的字母字符串(沒有任何空格/換行符/標簽)。任何幫助表示贊賞。
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2 回答

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紫衣仙女

TA貢獻1839條經(jīng)驗 獲得超15個贊

使用greptr

grep -v '>' file | tr -d '\n'


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反對 回復(fù) 2021-07-13
?
慕后森

TA貢獻1802條經(jīng)驗 獲得超5個贊

awk 'BEGIN{ORS=""}; !/>/{print}' test.txt

ORS 是輸出記錄分隔符變量。設(shè)置為“”,它刪除\n

!/>/ 選擇不包含 > 的行


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反對 回復(fù) 2021-07-13
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