我有一個(gè)看起來(lái)像這樣的大蛇形文件（在簡(jiǎn)化了很多之后）。rule a: input: '{path}.csv' output: '{path}.a.csv' shell: 'cp {input} {output}'rule b: input: '{path}.csv' output: '{path}.b.csv' shell: 'cp {input} {output}'rule c: input: '{path}.csv' output: '{path}.c.csv' shell: 'cp {input} {output}'rule d: input: '{path}.csv' output: '{path}.d.csv' shell: 'cp {input} {output}'rule all: input: 'raw1.a.b.c.a.d.csv', 'raw2.a.b.c.d.a.csv'（這個(gè)設(shè)置讓我可以使用像函數(shù)這樣的規(guī)則，通過(guò)在all規(guī)則中鏈接它們的文件名后綴。）開(kāi)始狀態(tài)：$ ls -tr1Snakefileraw1.csvraw2.csv$ snakemake all...后：$ ls -tr1Snakefileraw1.csvraw2.csvraw2.a.csvraw2.a.b.csvraw2.a.b.c.csvraw2.a.b.c.d.csvraw1.a.csvraw1.a.b.csvraw1.a.b.c.csvraw1.a.b.c.a.csvraw1.a.b.c.a.d.csvraw2.a.b.c.d.a.csv現(xiàn)在，我想添加一個(gè)規(guī)則來(lái)刪除特定的中間文件（例如raw1.a.csv和raw2.a.b.csv），因?yàn)槲也恍枰鼈儾⑶宜鼈冋加么罅看疟P(pán)空間。temp()由于通配符，我無(wú)法標(biāo)記輸出{path}。有小費(fèi)嗎？謝謝。
2 回答
郎朗坤
TA貢獻(xiàn)1921條經(jīng)驗(yàn) 獲得超9個(gè)贊
temp() 在這種情況下確實(shí)有效。
rule all:
input: 'raw1.a.b.c.a.d.csv',
'raw2.a.b.c.d.a.csv'
rule a:
input: '{path}.csv'
output: temp('{path}.a.csv')
shell: 'cp {input} {output}'
rule b:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.b.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
rule c:
input: '{path}.csv'
output: temp('{path}.c.csv')
shell: 'cp {input} {output}'
rule d:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.d.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
執(zhí)行此操作將導(dǎo)致創(chuàng)建文件raw1.a.b.c.a.d.csv , raw1.a.b.csv, raw2.a.b.c.d.csv, raw2.a.b.csv和自動(dòng)刪除文件raw1.a.csv, raw2.a.csv, raw1.a.b.c.csv, raw2.a.b.c.csv, raw1.a.b.c.a.csv, raw2.a.b.c.d.a.csv。
BIG陽(yáng)
TA貢獻(xiàn)1859條經(jīng)驗(yàn) 獲得超6個(gè)贊
編輯：實(shí)際上，這個(gè)解決方案不起作用..它會(huì)導(dǎo)致競(jìng)爭(zhēng)條件......
好吧，我想通了...
rule a:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.a.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
rule b:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.b.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
rule c:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.c.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
rule d:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.d.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
rule remove: # <-- rule to delete a file
input: '{path}'
output: touch('{path}.removed')
shell: 'rm {input}'
rule all:
input: 'raw1.a.b.c.a.d.csv',
'raw2.a.b.c.d.a.csv',
'raw1.a.csv.removed', # <-- specify which files to rm
'raw2.a.b.c.csv.removed', # <-- specify which files to rm
這是dag：
$ snakemake --dag all | dot -Tpng > dag.png
添加回答
舉報(bào)
0/150
提交
取消