我將其作為答案，因為評論中包含的內(nèi)容太多了，盡管它可能不完整。有兩個可疑的事情 - 如果您的機器有 200Gb 的可用內(nèi)存，那么第一個百分位數(shù)應該在 20Gb 矩陣上運行良好。那是很多內(nèi)存，所以開始研究還有什么可能會使用它。從top- 是否有其他進程或您的 python 程序使用所有這些？
第二個可疑的事情是文檔utils.percentile與它的實際行為不匹配。這是您鏈接到的代碼中的相關(guān)位：
def percentile(matrix, p):
"""
Estimation of percentile without zeros.
....
Returns
-------
float
Calculated percentile.
"""
return np.percentile(matrix[np.any(matrix > 0, axis=1)], p, axis=0)
它實際做的是返回為不全為零的行計算的（按列）百分位數(shù)。編輯那是包含至少一個正元素的行。如果值是非負的，那是一樣的，但總的來說，這將是一個非常不同的結(jié)果。
np.any(matrix > 0, axis=1)返回一個布爾數(shù)組來索引不全為零的行。例如
>>> np.any(array([[3, 4], [0, 0]]) > 0, axis=1)
array([ True, False])
>>> np.any(array([[3, 4], [1, 0]]) > 0, axis=1)
array([ True, True])
>>> np.any(array([[3, 0], [1, 0]]) > 0, axis=1)
array([ True, True])
該數(shù)組用于 index matrix，它僅選擇不全為零的行并返回那些行。如果您不熟悉這種索引方式，您應該閱讀用于索引的 numpy 文檔。
計算需要大量內(nèi)存 -matrix > 0創(chuàng)建一個與矩陣維度相同的布爾數(shù)組，然后索引創(chuàng)建一個matrix可能包含大部分行的副本。
因此，布爾數(shù)組可能為 2-4Gb，副本可能接近 20Gb。
可以減少，
## Find rows with all zeros, one row at a time to reduce memory
mask = [np.any(r > 0) for r in matrix]
## Find percentile for each column, excluding rows with all zeros
perc = [np.percentile(c[mask], p) for c in matrix.T]
但是，如前所述，這與功能文檔不匹配。
這種邏輯可能是有原因的，但很奇怪。如果您不知道原因，您可能可以np.percentile直接調(diào)用- 只需檢查它是否為較小的數(shù)據(jù)子集返回了一個接近值。還有nanpercentile, 可以以相同的方式使用，但忽略nan值。
您可以使用布爾索引來替換您不想包含在nan(ie matrix[matrix < 0] = np.nan) 中的值，然后調(diào)用它。
