我有一個(gè)試圖使用Galaxy在線(xiàn)工具使用的BED間隔文件。當(dāng)前，文件中的每一行都以一個(gè)數(shù)字開(kāi)頭（代表染色體編號(hào)）。為了正確上載它，我需要每一行以“ chr”開(kāi)頭，然后以數(shù)字開(kāi)頭。因此，例如以“ 2L”開(kāi)頭的行，我需要進(jìn)行更改，以使它們以“ chr2L”開(kāi)頭，并對(duì)以數(shù)字開(kāi)頭的其他所有行都執(zhí)行同樣的操作（不僅是2L，還有許多不同的數(shù)字）。我在想是否可以在每行的開(kāi)頭添加一個(gè)“ chr”而不影響其他列，那太好了，但是我不知道該怎么做（python的新手）請(qǐng)您幫我一下出去？
2 回答
侃侃無(wú)極
TA貢獻(xiàn)2051條經(jīng)驗(yàn) 獲得超10個(gè)贊
第一步打開(kāi)文件
file = open("somefile.txt")
步驟2
lines = list(file.readlines())
file.close()
第3步：使用列表理解
new_lines = ["chr"+line for line in lines]
步驟4將新行寫(xiě)回文件
with open("somefile.txt","w") as f:
f.writelines(new_lines)
為了不將所有行存儲(chǔ)在內(nèi)存中
file1 = open("some.txt")
file2 = open("output.txt","w")
for line in file1:
print >> file2, "chr"+ line
file1.close()
file2.close()
然后只需復(fù)制output.txt到您的原始文件名
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