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如何制作一個(gè)很好的R可重復(fù)的例子

R語(yǔ)言

BIG陽(yáng) 2019-12-22 10:12:36

如何制作一個(gè)很好的R可重復(fù)的例子在與同事討論性能，教學(xué)，發(fā)送錯(cuò)誤報(bào)告或在郵件列表上搜索指導(dǎo)時(shí)，以及在Stack Overflow上，通常會(huì)詢問(wèn)可重復(fù)的示例并始終提供幫助。您有什么建議創(chuàng)建優(yōu)秀示例的提示？如何以文本格式粘貼r中的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)？您還應(yīng)該包含哪些其他信息？在另外還有其他招數(shù)來(lái)使用dput()，dump()或structure()？你什么時(shí)候應(yīng)該包括library()或require()聲明？其中保留字應(yīng)避免一個(gè)，此外c，df，data等？怎樣才能成為一位偉大的[R重復(fù)的例子？

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3 回答

Cats萌萌

TA貢獻(xiàn)1805條經(jīng)驗(yàn) 獲得超9個(gè)贊

（這是我對(duì)如何寫一個(gè)可重復(fù)的例子的建議。我試圖讓它變短但很甜）

如何編寫可重現(xiàn)的示例。

如果您提供可重現(xiàn)的示例，您最有可能獲得R問(wèn)題的良好幫助。一個(gè)可重現(xiàn)的示例允許其他人通過(guò)復(fù)制和粘貼R代碼來(lái)重新創(chuàng)建您的問(wèn)題。

為了使您的示例可重現(xiàn)，您需要包含四件事：所需的包，數(shù)據(jù)，代碼和R環(huán)境的描述。

應(yīng)該在腳本的頂部加載包，因此很容易看到示例需要哪些包。
在電子郵件或Stack Overflow問(wèn)題中包含數(shù)據(jù)的最簡(jiǎn)單方法是使用dput()生成R代碼來(lái)重新創(chuàng)建它。例如，要mtcars在R中重新創(chuàng)建數(shù)據(jù)集，我將執(zhí)行以下步驟：

dput(mtcars)在R中運(yùn)行
復(fù)制輸出
在我可重現(xiàn)的腳本中，鍵入mtcars <-然后粘貼。

花一點(diǎn)時(shí)間確保您的代碼易于其他人閱讀：

確保你已經(jīng)使用了空格，你的變量名稱簡(jiǎn)潔，但信息豐富
使用注釋來(lái)指出問(wèn)題所在
盡力刪除與問(wèn)題無(wú)關(guān)的所有內(nèi)容。
代碼越短，理解起來(lái)就越容易。

sessionInfo()在代碼中包含注釋的輸出。這總結(jié)了您的R環(huán)境，并且可以輕松檢查您是否使用了過(guò)時(shí)的軟件包。

你可以通過(guò)啟動(dòng)一個(gè)新的R會(huì)話并粘貼你的腳本來(lái)檢查你是否真的做了一個(gè)可重現(xiàn)的例子。

在將所有代碼放入電子郵件之前，請(qǐng)考慮將其放在Gist github上。它將為您的代碼提供良好的語(yǔ)法突出顯示，您不必?fù)?dān)心電子郵件系統(tǒng)會(huì)破壞任何內(nèi)容。

反對(duì) 回復(fù) 2019-12-23

猛跑小豬

TA貢獻(xiàn)1858條經(jīng)驗(yàn) 獲得超8個(gè)贊

就個(gè)人而言，我更喜歡“一個(gè)”襯里。一些事情：

my.df <- data.frame(col1 = sample(c(1,2), 10, replace = TRUE),
        col2 = as.factor(sample(10)), col3 = letters[1:10],
        col4 = sample(c(TRUE, FALSE), 10, replace = TRUE))my.list <- list(list1 = my.df, list2 = my.df[3], list3 = letters)

數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)應(yīng)該模仿作者的問(wèn)題而不是確切的逐字結(jié)構(gòu)。當(dāng)變量不覆蓋我自己的變量或上帝禁止，函數(shù)（如df）時(shí)，我真的很感激。

或者，可以剪切幾個(gè)角并指向預(yù)先存在的數(shù)據(jù)集，例如：

library(vegan)data(varespec)ord <- metaMDS(varespec)

不要忘記提及您可能正在使用的任何特殊包裝。

如果你想在更大的物體上展示一些東西，你可以試試

my.df2 <- data.frame(a = sample(10e6), b = sample(letters, 10e6, replace = TRUE))

如果您通過(guò)raster包處理空間數(shù)據(jù)，則可以生成一些隨機(jī)數(shù)據(jù)。在包裝插圖中可以找到很多例子，但這里有一個(gè)小金塊。

library(raster)r1 <- r2 <- r3 <- raster(nrow=10, ncol=10)values(r1) <- runif(ncell(r1))values(r2) <- runif(ncell(r2))values(r3) <- runif(ncell(r3))s <- stack(r1, r2, r3)

如果您需要實(shí)現(xiàn)的某些空間對(duì)象sp，則可以通過(guò)“空間”包中的外部文件（如ESRI shapefile）獲取一些數(shù)據(jù)集（請(qǐng)參閱任務(wù)視圖中的空間視圖）。

library(rgdal)ogrDrivers()dsn <- system.file("vectors", package = "rgdal")[1]ogrListLayers(dsn)ogrInfo(dsn=dsn, layer="cities")cities <- readOGR(dsn=dsn, layer="cities")

反對(duì) 回復(fù) 2019-12-23