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循環(huán)遍歷R中目錄中的所有文件,應(yīng)用多個(gè)命令

循環(huán)遍歷R中目錄中的所有文件,應(yīng)用多個(gè)命令

我需要將R中的一組命令應(yīng)用于目錄中的所有單個(gè).txt文件(大約300個(gè))。我對(duì)R不太熟悉,因此我在線上看到的有關(guān)循環(huán)的所有幫助都很令人困惑,或者當(dāng)您需要對(duì)每個(gè)文件應(yīng)用多個(gè)命令時(shí),我無(wú)法弄清楚如何應(yīng)用循環(huán)。我需要應(yīng)用到目錄中每個(gè)文件(系統(tǒng)樹(shù))的命令是(使用R的ape庫(kù)):testtree <- read.tree("tree123.txt")unrooted_tr <- unroot(testtree)write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")如何應(yīng)用將這些命令應(yīng)用于每個(gè)單獨(dú)的.txt文件的循環(huán)(使用R或在Unix命令行中)?輸出(例如unrootedtree123.txt)將需要為每個(gè)單獨(dú)的文件使用不同的名稱(chēng)。預(yù)先感謝,丹妮。
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智慧大石

TA貢獻(xiàn)1946條經(jīng)驗(yàn) 獲得超3個(gè)贊

您可以獲取所有文件,然后循環(huán)使用lapply并應(yīng)用您想要應(yīng)用的任何功能,如下所示:


files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)

lapply(files, function(x) {

    t <- read.table(x, header=TRUE) # load file

    # apply function

    out <- function(t)

    # write to file

    write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

})


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反對(duì) 回復(fù) 2019-11-14
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