一、 安裝RODBC庫

1、進(jìn)入R語言的GUI界面（RGUI.EXE)，在菜單欄選擇“程序包/安裝程序包

2、在彈出的窗口里往下拉，選擇RODBC如圖，點(diǎn)擊確定

3、在ODBC數(shù)據(jù)源管理器里將需要的數(shù)據(jù)庫添加進(jìn)去，這里筆者使用的是SQL Server2008，驅(qū)動(dòng)程序選擇Native Client10.0

3、在R語言窗口輸入連接語句
> library(RODBC)
**這里是載入RODBC庫
> channel<-odbcConnect("MyTest",uid="ripley",case="tolower")
**連接剛才添加進(jìn)數(shù)據(jù)源的“MyTest”數(shù)據(jù)庫
**ch <- odbcConnect("some dsn ", uid = "user ", pwd = "**** ")
**表示用戶名為user，密碼是****，如果沒有設(shè)置，可以直接忽略
> data(USArrests)
**將“USArrests”表寫進(jìn)數(shù)據(jù)庫里（這個(gè)表是R自帶的）
> sqlSave(channel,USArrests,rownames = "state",addPK = TRUE)
**將數(shù)據(jù)流保存，這時(shí)候打開SQL Server就可以看到新建的USArrests表了
> rm(USArrests)
> sqlTables(channel)
**給出數(shù)據(jù)庫中的表
> sqlFetch(channel,"USArrests",rownames = "state")
**輸出USArrests表中的內(nèi)容
> sqlQuery(channel,"select * from USArrests")
**調(diào)用SELECT查詢語句并返回結(jié)果（如圖）

> sqlDrop(channel,"USArrests")
**刪除表
> odbcClose(channel)
**最后要記得關(guān)閉連接
當(dāng)然，通過這個(gè)辦法也可以讀取Excel、Access表中的內(nèi)容，具體方法類似，這里不再重復(fù)

有現(xiàn)成的包：matchprobes包 里面有個(gè)函數(shù)basecontent(seq)計(jì)算4中堿基每種的含量；
自己做的話：
#List是你的序列
unlist(strsplit(List,""))->sep.letter;#把每個(gè)字母都單獨(dú)分開
#遍歷所有字母
count_a=0; count_g=0; count_t=0; count_c=0;
for(i in 1:length(sep.letter)){
if(sep.letter[i]=="a"){count_a=count_a+1;}
if(sep.letter[i]=="g"){count_g=count_g+1;}
.........................
}

另一種是DBI方式，所以個(gè)人比較偏好用DBI連接方式。有下面這幾種主要的包提供了DBI連接，可以根據(jù)已經(jīng)安裝的數(shù)據(jù)庫類型來安裝相應(yīng)的驅(qū)動(dòng)。因?yàn)楹笳弑Ａ袅烁鲾?shù)據(jù)庫原本的特性，根據(jù)連接方式不同我們有兩種選擇：一種是ODBC方式，需要安裝RODBC包并安裝ODBC驅(qū)動(dòng)當(dāng)然也可以將R與外部數(shù)據(jù)庫連接，直接在R中操作數(shù)據(jù)庫，這也是一種可行的方法。在R中連接數(shù)據(jù)庫需要安裝其它的擴(kuò)展包，并生成最終結(jié)果。

當(dāng)然也可以將R與外部數(shù)據(jù)庫連接，直接在R中操作數(shù)據(jù)庫，并生成最終結(jié)果，這也是一種可行的方法。在R中連接數(shù)據(jù)庫需要安裝其它的擴(kuò)展包，根據(jù)連接方式不同我們有兩種選擇：一種是ODBC方式，需要安裝RODBC包并安裝ODBC驅(qū)動(dòng)。另一種是DBI方式，可以根據(jù)已經(jīng)安裝的數(shù)據(jù)庫類型來安裝相應(yīng)的驅(qū)動(dòng)。因?yàn)楹笳弑Ａ袅烁鲾?shù)據(jù)庫原本的特性，所以個(gè)人比較偏好用DBI連接方式。有下面這幾種主要的包提供了DBI連接：RMySQL，RSQLite，ROracle，RPostgreSQL。由名字看得出它們分別對(duì)應(yīng)了幾種主流的數(shù)據(jù)庫。