RStudio/R“升級”到OSX Yosemite后的RJava加載錯誤我最近“升級”了從OSX山獅到約塞米蒂和R 3.1.3到3.2。升級后,當我打開R或RStudio時,立即收到一條彈出消息,說我需要安裝Java 6。rJava或依賴于rJava的任何包(例如,xlsx)導(dǎo)致RStudio崩潰(當我嘗試打開它時,R也崩潰了R.app直接)。在嘗試了在Stack溢出和其他地方找到的一些修復(fù)后(下面有更多的詳細信息),我到了一個加載點rJava或任何依賴于rJava不再導(dǎo)致R崩潰,但會導(dǎo)致以下錯誤:library(rJava)Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not foundError:
package or namespace load failed for ‘rJava’但是,如果我從命令行調(diào)用R,然后加載rJava或任何依賴于rJava,它似乎有效(或者至少我沒有收到任何錯誤消息)。我嘗試過許多不同的修復(fù)嘗試,其中一些嘗試過幾次,但不太記得我按照什么順序做了什么(我沒有意識到這將是一個爛攤子,也沒有真正地跟蹤),但下面是它的要點:在我的.bash_profile(按這個答案):導(dǎo)出JAVA_HOME=“/usr/libexec/java_home-v1.8”導(dǎo)出LD_Library_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server從命令行重新配置java,如下所示:Sudo R CMD javareconf-n查證options("java.home")發(fā)現(xiàn)這個被設(shè)置為NULL..我嘗試將其設(shè)置為這個問題):options(“java.home”=“/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre”)安裝了最新的Java開發(fā)工具包并重新安裝rJava從源頭(不記得我在哪里找到的那個)。在嘗試所有這些的時候,我能夠加載rJava沒有崩潰的R,而是得到了上面的錯誤信息。此外,當我退出RStudio時,它似乎正常關(guān)閉,但隨后會彈出一條“RStudio意外退出”消息,表明程序在試圖關(guān)閉時已經(jīng)崩潰。我終于決定安裝Java for OS X 2014-001(Java 6),因為我似乎已經(jīng)沒有選擇了?,F(xiàn)在,當我打開R或RStudio時,“這個軟件需要Java 6”彈出消息就不再出現(xiàn)了。但是,我還是得到了.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'上面張貼的錯誤信息。在回顧一些我已經(jīng)看過的帖子時,我注意到另一個如此回答這是我以前忽略的,它建議使用以下命令行代碼打開RStudio,這些命令行代碼為RStudio提供了正確的Java路徑:LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server:OPEN-一個RStudio它打開了一個RStudio窗口,我還能夠加載rJava以及依賴于它的包,而不產(chǎn)生錯誤。最后,我嘗試從命令行運行R(這是我以前沒有做過的)。結(jié)果是在命令行中加載rJava或任何依賴于rJava工作,并且不會拋出任何錯誤。所以,我現(xiàn)在可以rJava如果我使用為RStudio提供java路徑的代碼從命令行打開RStudio,則可以正常工作(如上所述)。但是,我想找到一種方法來解決根本的問題,不管它是什么,這樣就可以通常的Mac方式打開RStudio,而不需要命令行雜念。我還擔(dān)心安裝舊版本的Java可能會造成問題。有沒有人知道如何診斷和解決這個問題?
RStudio/R“升級”到OSX Yosemite后的RJava加載錯誤
慕尼黑8549860
2019-06-23 16:37:18