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RStudio/R“升級(jí)”到OSX Yosemite后的RJava加載錯(cuò)誤

RStudio/R“升級(jí)”到OSX Yosemite后的RJava加載錯(cuò)誤

慕尼黑8549860 2019-06-23 16:37:18
RStudio/R“升級(jí)”到OSX Yosemite后的RJava加載錯(cuò)誤我最近“升級(jí)”了從OSX山獅到約塞米蒂和R 3.1.3到3.2。升級(jí)后,當(dāng)我打開R或RStudio時(shí),立即收到一條彈出消息,說我需要安裝Java 6。rJava或依賴于rJava的任何包(例如,xlsx)導(dǎo)致RStudio崩潰(當(dāng)我嘗試打開它時(shí),R也崩潰了R.app直接)。在嘗試了在Stack溢出和其他地方找到的一些修復(fù)后(下面有更多的詳細(xì)信息),我到了一個(gè)加載點(diǎn)rJava或任何依賴于rJava不再導(dǎo)致R崩潰,但會(huì)導(dǎo)致以下錯(cuò)誤:library(rJava)Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:   call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)   error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':   dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib     Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so  Reason: image not foundError:    package or namespace load failed for ‘rJava’但是,如果我從命令行調(diào)用R,然后加載rJava或任何依賴于rJava,它似乎有效(或者至少我沒有收到任何錯(cuò)誤消息)。我嘗試過許多不同的修復(fù)嘗試,其中一些嘗試過幾次,但不太記得我按照什么順序做了什么(我沒有意識(shí)到這將是一個(gè)爛攤子,也沒有真正地跟蹤),但下面是它的要點(diǎn):在我的.bash_profile(按這個(gè)答案):導(dǎo)出JAVA_HOME=“/usr/libexec/java_home-v1.8”導(dǎo)出LD_Library_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server從命令行重新配置java,如下所示:Sudo R CMD javareconf-n查證options("java.home")發(fā)現(xiàn)這個(gè)被設(shè)置為NULL..我嘗試將其設(shè)置為這個(gè)問題):options(“java.home”=“/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre”)安裝了最新的Java開發(fā)工具包并重新安裝rJava從源頭(不記得我在哪里找到的那個(gè))。在嘗試所有這些的時(shí)候,我能夠加載rJava沒有崩潰的R,而是得到了上面的錯(cuò)誤信息。此外,當(dāng)我退出RStudio時(shí),它似乎正常關(guān)閉,但隨后會(huì)彈出一條“RStudio意外退出”消息,表明程序在試圖關(guān)閉時(shí)已經(jīng)崩潰。我終于決定安裝Java for OS X 2014-001(Java 6),因?yàn)槲宜坪跻呀?jīng)沒有選擇了?,F(xiàn)在,當(dāng)我打開R或RStudio時(shí),“這個(gè)軟件需要Java 6”彈出消息就不再出現(xiàn)了。但是,我還是得到了.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'上面張貼的錯(cuò)誤信息。在回顧一些我已經(jīng)看過的帖子時(shí),我注意到另一個(gè)如此回答這是我以前忽略的,它建議使用以下命令行代碼打開RStudio,這些命令行代碼為RStudio提供了正確的Java路徑:LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server:OPEN-一個(gè)RStudio它打開了一個(gè)RStudio窗口,我還能夠加載rJava以及依賴于它的包,而不產(chǎn)生錯(cuò)誤。最后,我嘗試從命令行運(yùn)行R(這是我以前沒有做過的)。結(jié)果是在命令行中加載rJava或任何依賴于rJava工作,并且不會(huì)拋出任何錯(cuò)誤。所以,我現(xiàn)在可以rJava如果我使用為RStudio提供java路徑的代碼從命令行打開RStudio,則可以正常工作(如上所述)。但是,我想找到一種方法來(lái)解決根本的問題,不管它是什么,這樣就可以通常的Mac方式打開RStudio,而不需要命令行雜念。我還擔(dān)心安裝舊版本的Java可能會(huì)造成問題。有沒有人知道如何診斷和解決這個(gè)問題?
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3 回答

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慕森王

TA貢獻(xiàn)1777條經(jīng)驗(yàn) 獲得超3個(gè)贊

我有同樣的問題,經(jīng)歷了和你一樣的步驟。允許通過Finder/Spotlight啟動(dòng)RStudio的最后一步是將libjvm.dylib鏈接到/usr/local/lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f添加標(biāo)志以強(qiáng)制覆蓋現(xiàn)有文件/鏈接。


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反對(duì) 回復(fù) 2019-06-23
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繁星coding

TA貢獻(xiàn)1797條經(jīng)驗(yàn) 獲得超4個(gè)贊

在OSXElCapitan 10.11上,用戶沒有寫入/usr/lib的權(quán)限。因此,可以使用以下命令:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib


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反對(duì) 回復(fù) 2019-06-23
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