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用數(shù)據(jù)庫處理大量純文本

用數(shù)據(jù)庫處理大量純文本

喵喵時光機 2019-04-21 20:20:40
我本職是研究結(jié)構(gòu)生物學(xué)的,經(jīng)常需要寫腳本程序來處理大量純文本,對于同一個蛋白質(zhì),有很多種格式的數(shù)據(jù),比如:pdb格式ATOM1NMET144.017-3.1949.239ATOM2CAMET143.506-1.8299.263ATOM3CMET142.074-1.8399.749ATOM4OMET141.422-2.8489.638ATOM5CBMET143.723-1.2157.865fasta格式>./3odiA165MVNPTVFFDIAVDGEPLGRVSFELFADKVPKTAENFRALSTGEKGFGYKGSCFHRIIPGFMCQGGDFTRHNGTGGKSIYGEKFEDENFILKHTGPGILSMANAGPNTNGSQFFICTAKTEWLDGKHVVFGKVKEGMNIVEAMERFGSRNGKTSKKITIADCGQLE我通常通過后綴名來分辨,比如3odiA.pdb和3odiA.fasta.但bash或者python腳本寫起來需要考慮文件路徑,十分繁瑣.我想數(shù)據(jù)庫應(yīng)該可以很好地解決我的問題,比如用3odiA作key,文本中的strings作value,但是要具體實現(xiàn)起來確實沒什么經(jīng)驗(非cs出身).各位可否給一些建議?比如,用什么數(shù)據(jù)庫?有什么類似的解決方案可供參考的?
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2 回答

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慕容森

TA貢獻1853條經(jīng)驗 獲得超18個贊

據(jù)我所知,生物學(xué)都是perl黨,perl雖然有點晦澀,但確實是玩純文本最溜的語言
不如說至今通行的正則還叫pcre=兼容perl的正則表達式
                            
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反對 回復(fù) 2019-04-21
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