反映在visual studio.net中：
windows應用程序主要是指WINFORM項目（C#）
web應用程序主要是指WEBFORM項目（ASP.NET）
兩者最大的不同是前者是C/S結(jié)構(gòu)；后者是B/S結(jié)構(gòu)。
C/S是Client/Server的縮寫。服務器通常采用高性能的PC、工作站或小型機，并采用大型數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，如Oracle、Sybase、Informix或 SQL Server。客戶端需要安裝專用的客戶端軟件。
B/S是Brower/Server的縮寫，客戶機上只要安裝一個瀏覽器（Browser），如Netscape Navigator或Internet Explorer，服務器安裝Oracle、Sybase、Informix或 SQL Server等數(shù)據(jù)庫。在這種結(jié)構(gòu)下，用戶界面完全通過WWW瀏覽器實現(xiàn)，一部分事務邏輯在前端實現(xiàn)，但是主要事務邏輯在服務器端實現(xiàn)。瀏覽器通過Web Server 同數(shù)據(jù)庫進行數(shù)據(jù)交互。
C/S 與 B/S 區(qū)別：
1．硬件環(huán)境不同:
　　C/S 一般建立在專用的網(wǎng)絡(luò)上, 小范圍里的網(wǎng)絡(luò)環(huán)境, 局域網(wǎng)之間再通過專門服務器提供連接和數(shù)據(jù)交換服務.
　　B/S 建立在廣域網(wǎng)之上的, 不必是專門的網(wǎng)絡(luò)硬件環(huán)境,例與電話上網(wǎng), 租用設(shè)備. 信息自己管理. 有比C/S更強的適應范圍, 一般只要有操作系統(tǒng)和瀏覽器就行
2．對安全要求不同
　　C/S 一般面向相對固定的用戶群, 對信息安全的控制能力很強. 一般高度機密的信息系統(tǒng)采用C/S 結(jié)構(gòu)適宜. 可以通過B/S發(fā)布部分可公開信息.
　　B/S 建立在廣域網(wǎng)之上, 對安全的控制能力相對弱, 可能面向不可知的用戶。
3．對程序架構(gòu)不同
　　C/S 程序可以更加注重流程, 可以對權(quán)限多層次校驗, 對系統(tǒng)運行速度可以較少考慮.
　　B/S 對安全以及訪問速度的多重的考慮, 建立在需要更加優(yōu)化的基礎(chǔ)之上. 比C/S有更高的要求 B/S結(jié)構(gòu)的程序架構(gòu)是發(fā)展的趨勢, 從MS的.Net系列的BizTalk 2000 Exchange 2000等, 全面支持網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)件搭建的系統(tǒng). SUN 和IBM推的JavaBean 構(gòu)件技術(shù)等,使 B/S更加成熟.
4．軟件重用不同
　　C/S 程序可以不可避免的整體性考慮, 構(gòu)件的重用性不如在B/S要求下的構(gòu)件的重用性好.
　　B/S 對的多重結(jié)構(gòu),要求構(gòu)件相對獨立的功能. 能夠相對較好的重用.就入買來的餐桌可以再利用,而不是做在墻上的石頭桌子
5．系統(tǒng)維護不同
　　C/S 程序由于整體性, 必須整體考察, 處理出現(xiàn)的問題以及系統(tǒng)升級. 升級難. 可能是再做一個全新的系統(tǒng)
　　B/S 構(gòu)件組成,方面構(gòu)件個別的更換,實現(xiàn)系統(tǒng)的無縫升級. 系統(tǒng)維護開銷減到最小.用戶從網(wǎng)上自己下載安裝就可以實現(xiàn)升級.
6．處理問題不同
　　C/S 程序可以處理用戶面固定, 并且在相同區(qū)域, 安全要求高需求, 與操作系統(tǒng)相關(guān). 應該都是相同的系統(tǒng)
　　B/S 建立在廣域網(wǎng)上, 面向不同的用戶群, 分散地域, 這是C/S無法作到的. 與操作系統(tǒng)平臺關(guān)系最小.
7．用戶接口不同
　　C/S 多是建立的Window平臺上,表現(xiàn)方法有限,對程序員普遍要求較高
　　B/S 建立在瀏覽器上, 有更加豐富和生動的表現(xiàn)方式與用戶交流. 并且大部分難度減低,減低開發(fā)成本.
8．信息流不同
　　C/S 程序一般是典型的中央集權(quán)的機械式處理, 交互性相對低
　　B/S 信息流向可變化, B-B B-C B-G等信息、流向的變化, 更像交易中心。

簡單來說，windows應用程序是桌面應用程序，需要安裝才可以使用，web應用程序是網(wǎng)頁應用程序，直接通過瀏覽器進行操作，不需要安裝。