非變性凝膠電泳，也稱為天然凝膠電泳，與非變性凝膠電泳最大的區(qū)別就在于蛋白在電泳過程中和電泳后都不會變性。最主要的有以下幾點：

1. 凝膠的配置中非變性凝膠不能加入SDS，而變性凝膠的有SDS。
2. 電泳載樣緩沖液中非變性凝膠的不僅沒有SDS，也沒有巰基乙醇。
3. 在非變性凝膠中蛋白質的分離取決于它所帶的電荷以及分子大小，不像SDS-PAGE電泳中蛋白質分離只與其分子量有關。
4. 非變性凝膠電泳中，酸性蛋白和堿性蛋白的分離是完全不同的，不像SDS-PAGE中所有蛋白都朝正極泳動。非變性凝膠電泳中堿性蛋白通常是在微酸性環(huán)境下進行，蛋白帶正電荷，需要將陰極和陽極倒置才可以電泳。 5. 因為是非變性凝膠電泳，所有的電泳時候電流不能太大，以免電泳時產生的熱量太多導致蛋白變性，而且步驟都要在0-4度的條件下進行，這樣才可以保持蛋白質的活性，也可以降低蛋白質的水解作用。這點跟變性電泳也不一樣。

所以與SDS-PAGE電泳相比，非變性凝膠大大降低了蛋白質變性發(fā)生的機率